在天下局势逐渐趋于稳定，中原地区稍稍安定之后，那些因战乱而流亡到辽东的人都纷纷返回家乡，然而管宁却依旧安然地留在辽东，仿佛要在此度过余生。
黄初四年，魏文帝下诏，令公卿大臣举荐品行独特、坚守操守的君子。司徒华歆深知管宁的贤德，便向朝廷举荐了他。魏文帝即位后，征召管宁入朝为官。管宁接到诏令后，带着家属乘船渡海，返回北海郡。公孙度之孙公孙恭亲自将他送到南郊，并赠送了许多衣物等用品。
自管宁前往辽东以来，公孙度、公孙康、公孙恭三代人先后赠送给他的财物，他都一一接受并妥善收藏起来。如今西渡返回中原，管宁将这些财物全部封存归还。（据《傅子》记载：当时公孙康已经去世，他并未传位给嫡子，而是由弟弟公孙恭继承。公孙恭性格懦弱，而公孙康的庶子公孙渊才华出众。管宁预感到：“废嫡立庶，下面的人必然会心生异志，这就是祸乱的根源啊。”于是，他带着家属乘船渡海，接受了朝廷的征召。管宁在辽东一共待了三十七年才返回中原。后来，公孙渊果然夺取了公孙恭的位置，背叛魏国，向南与东吴勾结，还僭越称帝。魏明帝派遣相国宣文侯司马懿前去征讨，最终将其消灭。这场战乱中，辽东地区死伤无数，正如管宁当初所预料的那样。管宁在归途中，海上遭遇了猛烈的风暴，同行的船只大多沉没，唯有管宁乘坐的船安然无恙。当时，夜黑风高，海面一片昏暗，船员们都迷失了方向，不知该往何处停泊。突然，他们望见远处有火光闪烁，便朝着火光的方向驶去，最终抵达了一座岛屿。然而，这座岛上荒无人烟，也没有生火留下的灰烬，同行的人都感到十分惊异，认为这是神灵庇佑的结果。皇甫谧说：“这是管宁长期积善的报应啊。” ）
魏文帝下诏，任命管宁为太中大夫，管宁却坚决推辞，不肯接受。（《傅子》记载：管宁上书给天子，以生病为由推辞道：“臣听闻傅说托梦感动殷高宗，吕尚通过占卜的吉兆打动周文王，他们凭借着通神的才能让圣主有所感悟，从而得以辅佐帝王大业，建立不朽功勋。而臣才疏学浅，实在不是能担当此任的人。虽然臣渴望生活在清明的时代，能够摆脱世俗的束缚。但臣内心深知自己身患顽疾，身体状况如同日落西山，日渐衰弱。希望陛下能体谅臣这个隐居山