逃出长安，钟繇在这件事上出了很大的力。之后，他被任命为御史中丞，又升任侍中、尚书仆射，并因之前的功绩被封为东武亭侯。
当时关中地区的马腾、韩遂等割据势力各自拥兵自重、相互争斗。曹操正忙于山东战事，对关右局势深感忧虑，于是上表朝廷，任命钟繇以侍中身份兼任司隶校尉，持节都督关中各军，将后方事务全权委托给他，特别允许他不必受常规制度约束。钟繇抵达长安后，立即给马腾、韩遂等人写信，向他们剖析利害祸福。在他的劝说下，马腾、韩遂各自派遣儿子到朝廷担任侍卫（实为质子），表示臣服。
曹操在官渡与袁绍对峙时，钟繇筹集了两千多匹马送往前线。曹操在回信中称赞道：“收到你送来的战马，真是解了燃眉之急。关右得以平定，朝廷没有了西边的后顾之忧，这都是你的功劳啊！从前萧何镇守关中，为军队提供充足粮草，如今你所做的和他一样出色。”
后来，匈奴单于在平阳发动叛乱，钟繇率军将其围困，但久攻未下。此时，袁尚任命的河东太守郭援率大军抵达河东，兵力强盛。众将领商议想要撤离，钟繇反对说：“袁氏势力正盛，郭援此次来犯，关中诸将暗中与他勾结。他们之所以没有全部反叛，只是顾忌我的威名罢了。如果我们就这样撤退，只会向敌人示弱，当地百姓谁不会把我们当作仇敌？就算我们想回去，又怎么能安全抵达？这简直是未战先败！况且郭援刚愎自用、争强好胜，必定会轻视我军。如果他渡河扎营，我们趁他们尚未完全渡河时发起攻击，一定能大获全胜。”
与此同时，张既劝说马腾联合攻打郭援，马腾派儿子马超率领精兵迎战。郭援到达后，果然轻率地率军渡河，部下劝阻也不听。当敌军渡河到一半时，钟繇与马超率军突然出击，大败敌军，斩杀了郭援，逼降了匈奴单于。（据《司马彪战略》记载：袁尚派高干、郭援率数万大军联合匈奴单于进犯河东，并派使者与马腾、韩遂结盟，马腾等人暗中答应。傅干劝说马腾：“古人说‘顺应道义者昌盛，违背德行者灭亡’。曹公奉天子之命诛讨暴乱，法令严明、国家治理有序，上下一心效命。有义举必赏，无义行必罚，这就是顺应道义。袁氏违背王命，驱使胡虏侵犯中原，为人宽厚却多猜忌，仁慈却无决断，军队虽强，实则失天下人心