一片残破。孔融着手修复城邑，尊崇学校教育，设立各级学府，大力举荐贤才，表彰儒士。他任命彭璆为“方正”，邴原为“有道”，王修为“孝廉”；还特别下令在高密县为郑玄设立一个乡，命名为“郑公乡”。对于本郡中无后嗣的人，以及四方客死当地的游士，孔融都提供棺木妥善安葬。郡人甄子然以孝行闻名，却早早去世，孔融深以为憾，便下令让他的牌位配享县社。他礼遇贤才的举动竟到了如此地步。
在北海任职六年期间，刘备上表举荐孔融兼任青州刺史。建安元年，孔融被征召回朝担任将作大匠，后又升任少府。每次朝会讨论国事时，他总是主掌议题的核心人物，其他卿大夫不过挂名附和而已。
据《司马彪九州春秋》记载，孔融在北海时，自认为才智卓越、远超世人，是天赋异禀的命世之才，当时的豪杰都比不上他。他胸怀大志，甚至想整军经武、炫耀兵威，与天下贤才一争功业，打算在海岱地区奠定根基，不愿像普通郡守那样庸庸碌碌，只知道侍奉上级、应付官场应酬。
然而，他选拔任用的官员，多偏好标新立异之人，都是些轻佻浮躁的才子。对于通晓古事的高士，他表面上假意恭敬，礼仪虽周全，却从不与他们讨论治国大事。比如对高密郑玄，他尊称“郑公”，行子孙之礼，但一涉及高谈阔论的教令，就堆满官署，虽然文辞温雅可赏，实际推行起来却困难重重。他虽能搭建制度框架，自身治理却疏忽大意：租赋征收多有拖延，甚至一时暴怒斩杀了五部督邮。奸民与污吏勾结，在街市上胡作非为，他也无力整治。
幽州的一支精锐部队发生叛乱，流窜到徐州，突然兵临城下，全城百姓惊恐万分。孔融竟只身出城游说，暂时稳住了叛军的异心。他随后与别校密谋趁夜偷袭幽州军，取得胜利并收编了全部人马。但没过多久，这些降卒又再次叛逃。
后来黄巾军逼近，孔融却大喝美酒，亲自上马，率军到氵来水河畔抵御。敌军命令先头部队与孔融正面相持，两翼则直接渡河，直扑他的治所城池。城防崩溃后，孔融无法入城，逃到南县，身边的部下也逐渐叛离。多年来屡遭挫败，事事无成，最终连辖境都无法保全，只能弃郡逃亡。
此后他辗转到徐州，以北海相的身份兼任青州刺史，治所设在郡北部边