道主义干预中无法刻意回避的深层次问题。
但一些国家，尤其是强权国家出于自身利益考虑，更多的是打着“人道主义”的幌子粗暴干涉别国内政。以联合国对索马里进行人道主义干预为例，联合国干预的目的是恢复索马里的“和平、稳定、法律和秩序”，通过行动来减少大规模的人道主义危机的重现。但以美国为首的西方国家则以国际人道主义干预为名，扶植亲近自己的政治势力，企图达到控制该国的目的。目的的差异导致美国在对索马里的干预中更多强调自身利益的寻求，数次采取单独干预行动，不甘心在行动上受制于联合国。当确信有利可图时，美国会在联合国旗号下参与人道主义干预，而当利益受到切实损害或者无利可图时，美国则会抛开联合国放弃干预。1994年，美国因对人道主义干预目的的实现充满悲观而撤离索马里，放弃对这个纷乱国家的人道主义“救援”。美国又因其反恐和对石油资源的需求重返索马里：2007年1月8日，美国空军武装直升机对索马里南部教派武装控制的村庄发动了一次空袭行动。此外，美国海军第五舰队还派出“艾森豪威尔”号航空母舰进驻索马里附近海域。这是上世纪90年代美军特种部队撤出索马里后，美军首次公开介入索马里内战。
因此，在国际组织的人道主义干预与国家利益目的之间、国际人道主义干预的名义和实质目的之间就发生了纷扰，这成为人道主义干涉的又一个困境。
国际人道主义干预中是使用和平手段还是采取包括武力在内的强制性手段一直是干预行动中颇受争论的问题。联合国维和行动强调自愿、中立、非武力等基本原则。然而，随着冷战后人道主义问题的上升、被干预国局势的复杂化，国际人道主义干预越来越倾向于武力的使用，甚至一向倡导以和平方式解决人道主义危机的联合国也开始采取武力手段来行使人道主义干预。前秘书长加利曾说：“在必要时，联合国应该使用强制性手段，诸如经济制裁，甚至用武力来迫使有关国家来实现和平。”但是，联合国在索马里维和行动中对武力的使用并没有有效控制索马里的国内局势，反而使得该国持续陷入军阀混战局面，维和部队也屡次遭到武装袭击，维和人员伤亡惨重。
同时，国际人道主义干预中武力使用所带来的人员