五军都督府的将领随时都可能调去京师三营，京师三营的将领也可能会调去五军都督府。
可是自从明宣宗朱瞻基去世之后，朱祁镇年幼，孙太后也就掌握了一定的实权，为此，孙氏一族的皇亲国戚，多数去了五军都督府担任要职，久而久之，五军都督府就成了外戚势力的地盘。
为了争夺兵权和功劳，他们自然就会想着打压京师三营的武将勋贵们。因为有了太后的帮助，京师三营的将领们也只好忍让一些。
正因如此，如今京师三营的将领，就认为五军都督府的人没有什么本事，只不过是靠着太后撑腰，才敢这么嚣张的。
而五军都督府的将领们，则认为京师三营也没有什么了不起，认为很多将领都是无能之辈，不过就是靠着祖辈、父辈的荫封，才能得到今时今日的地位。
此刻，于谦则在和兵部的官员商量着，该如何整顿兵马。其中一个官员还有点胆怯的说道：京师三营的将领，一向都是眼高于顶的，如今陛下虽然下了旨意让于尚书去整顿兵马，他们明面上是不敢抗旨，可是暗地里，肯定会让我们吃苦头的。
“是啊，京师三营的人，什么时候把我们兵部放在过眼里，这一回奉旨办差，只怕也没有那么容易啊”另一个官员附和道。
旁边的几个官员听了之后，也都点了点头。
于谦听了之后，虽然有点气愤，但他也明白，这些人说的都是实话。所以，他平静的闭眼了一会儿，然后心平气和的说道：
“怕什么，此次是奉旨整顿三营兵马，诸位只需知道，咱们这么做，是为了大明的将来着想，可不是为了个人的利益之争。”
“你们尽管大胆的办差，出了什么事，由我于谦一力承担！”
之后，兵部的官员经过商议之后，就定下了整顿兵马的一些办法，包括裁撤老弱士兵，严明军纪，查实各营兵马实数等等。
内阁的曹鼐也特意来到了兵部看望于谦，还颇为担心的对于谦说了几句，京师三营是大明朝廷的精锐，整顿归整顿，可不能闹出什么危机！
于谦笑了笑，让曹鼐尽可放心，整顿兵马是为了提高军队的战斗力，又不是上阵杀敌，哪来的什么危机。
过了几天之后，于谦就带着兵部的