而伙伴们亦豁出自己的性命让鸣人追上佐助。但却又突然杀出了拥有血继限界的强敌君麻吕，超出原先计划之外。鸣人试图制造千个影分身以击败君麻吕，但对方丝毫无损；幸得受伤后初愈的李洛克和我爱罗及时相助，可继续追赶佐助的步伐。
最终在初代火影与宇智波斑决斗的终结之谷遇上。鸣人追问佐助为什麼不珍惜彼此之间的友谊；而佐助的回应却指出友情虽重要，但不能够让他变强，他所需要的是更强大的力量。鸣人无可奈何下唯有使用强硬手段迫佐助回归。佐助开启进化了的写轮眼，与使用九尾力量的鸣人对战。最终由进入第二重咒印、使用千鸟之术的佐助，击败使用九尾力量及螺旋丸的鸣人。大局已定，鸣人已无法继续追踪佐助，这亦将成为鸣人心中长久的一个遗憾……倒在地上昏过去的他，被大雨洒遍全身；直到卡卡西的到来，才把鸣人带回木叶接受治疗。此事之后，鸣人决心修练自己，跟随自来也在外修行……
风影夺还之章
跟随自来也在外训练二年后，鸣人回归木叶。他在体格及心智已较成熟。当得悉一众友人已成为上忍或中忍，而我爱罗更是成为风影时，鸣人并不气馁，反而被激励起来。后到达「晓」聚会的地点，但为时已晚，我爱罗已被抽出尾兽力量而死亡。鸣人欲夺回我爱罗的身躯，因而被曾袭击砂隐村的其中一名「晓」成员－迪达拉所挑衅。卡卡西不安心，故随鸣人同去，并劝鸣人要冷静下来。鸣人配合卡卡西，由卡卡西使出万花筒写轮眼击伤迪达拉，再由鸣人击落迪达拉所乘的巨鸟，取回我爱罗的身躯。后来证实我爱罗己死，鸣人激动的九尾的查克拉外漏，形成妖狐战衣，攻击迪达拉。卡卡西见状，立刻用自来也所说的方法把鸣人制住。迪达拉被木叶的第三班及第七班围攻，迫虎跳墙下使出自爆方式，似要同归与尽，幸被卡卡西转移到另一空间……战斗结束，草原上躺著我爱罗的尸首，鸣人所表现的真摰友情，感动了千代婆婆，甘心牺牲自己的性命用转生之术令我爱罗复活。我爱罗回归，砂隐村的民众夹道欢迎，我爱罗第一次感到被其他人肯定的滋味。故鸣人们准备回归时，我爱罗心存感激；双方的握手，代表著永恒的友谊……
天地桥之战
从「晓」的蝎口中得知其将与派往大蛇丸身边的卧底会面，认为是寻找佐助
新第七班消息的好时机；在五代目纲手批准下，准备往会面地点──天地桥出发。由於卡卡西在与迪达拉一战中虚耗过多，无法同行，於是由原暗部成员、化名大和的天藏担任新队长，率鸣人、樱及新成员佐井前往目的地。虽然鸣人及樱对佐井的假意笑容及口不择言，没甚好感，但同意为了佐助，即使要与不喜欢的人合作也心甘情愿。到达天地桥后，大和伪装成蝎，接触蝎的卧底，而鸣人们躲在岩后静待指示。令一行人惊讶的是，原来这名卧底就是药师兜。及后大蛇丸亦出现，大和的伪装身份亦被揭穿，双方交战起来。鸣人受到挑衅，化身成四尾妖狐，失去意志，还把小樱弄伤。大蛇丸与鸣人间爆发激战，被兜称为「怪物间的战斗」。后大蛇丸因三年限期已到，身体不能承受，不敢恋战而去；鸣人亦被大和*控尾兽的力量所压制，变回人类的状态。清醒过后，得悉是自己伤害了小樱而悔疚，但同意大和所说，要不断锻鍊自己本身的力量去保护身边重要的人。
飞段、角都篇
鸣人重新投入训练，并得到卡卡西及大和的指点。鸣人得知自己的能力属于「风」属性，为加快训练效果，他以多重影分身术进行修行，并前往同有「风」属性的猿飞阿斯玛处寻求指点。后阿斯玛对上「晓」的飞段、角都，战败阵亡，第十班意欲报仇，卡卡西暂时把修行之事交给大和处理、而自己负责照顾第十班。后卡卡西所率的第十班与飞段、角都陷入苦战，幸亏大和及时率领鸣人、佐井、樱三人赶到，加入战团，鸣人更与大和一起使出风水混合术「飓风水涡之术」，抵消角都的风火混合攻击。鸣人以新术风遁·螺旋手里剑攻击角都，但第一次失败了。卡卡西认为应对角都进行围攻方妥当，但凭著鸣人要超越四代火影的决心，卡卡西让鸣人作第二次攻击。鸣人亦不负所托，以影分身成功欺骗角都，并从其背后施以风遁·螺旋手里剑，给予绝命一击；角都倒在地上动弹不得，由卡卡西了结其生命。鹿丸亦把飞段击败并封印后，众人又回到木叶忍村……
佩恩袭击木叶
再次寻找佐助的踪影失败后，回到木叶，却惊闻自来也被佩恩杀害的恶噩。为此曾一度悲伤的他，因为伊鲁卡老师和鹿丸的鼓励，而再度重新振作起来，并协助解开自来也临终前留下的暗号；可惜的是仍然没有头绪。为了替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的妙木山，作艰苦的「仙术」训练。训练期间，鸣人险变青蛙，幸得深作大人用术阻止，不过呜人却整身是伤。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，故深作大人建议转为不用蛤蟆油的练习，同时也给了鸣人自来也的遗作──「毅力忍传」。
仙人鸣人420话中，鸣人基本已掌握了深作所授的「蛙蹼手」，及能