以用血脉传递的血继不同，秘术忍者是以独特方法修行出来，在某些方面有着独特作用的秘密忍术，如木叶山中一族的心转身、奈良一族的影子模仿术、油女一族的寄坏虫术。
这些秘术没有血继的威力大，但是统一特点就是难缠，一旦中招和作用，必会产生可怕效果的那种忍术，虽然效果未必大，但是只要抓住机会，就能产生决定性作用。
就比如山中井野，用心转身之术操纵了链接着十尾的带土两秒，偏移了十尾的尾兽玉，挽救了包括鸣人在内的许多联军，奈良鹿丸的影子模仿术多次束缚强大的敌人，由此可见秘术忍者在战术的重要作用。
也因秘术忍者的关键和难缠，所以对秘术忍者，战术上的谨慎与提前抹杀，都是必须的。