就在所有的口袋妖怪都为了维护自己的存在而战斗的时候，皮卡丘却不走寻常路，它不愿意和它的复制品战斗，于是就出现了口袋妖怪影史上最为著名的一幕，皮卡丘站在原地，任由复制品皮卡丘一巴掌一巴掌的扇在自己的脸上也绝不还手，只是眼含泪光的看着自己的复制品。
再然后，正当好不容易抵达了小岛的小智等训练师，准备美美的吃一顿美餐的时候，山洞的洞穴内就忽然飞出了无数的精灵球，将小智等训练师放出来休息的口袋妖怪全部强行夺走了，唯独只有皮卡丘，在小智的拼死营救之下才被救了出来，同时还把所有被精灵球抓走的口袋妖怪也给放了出来。
于是在超梦的控制下，复制品口袋妖怪和本尊开始战斗了起来，复制品们都想要击杀本尊，然后成为真正的本尊。
如果看过原版的《口袋妖怪超梦的逆袭》的观众，就会知道，贾老板虽然大剧情是按照原版的剧情走的，但是小细节改了很多。
小智觉得这块石头意外的有些吸引人，于是他抱着这块石头游回了岸边，然后带着这块石头和小霞小刚回到了海岸边的城镇。
尤其是最后小智又巧遇了在石英联盟击败自己的阿弘，双方再一次展开战斗，虽然小智因为觉得梦幻没有战斗力，并没有让梦幻上场战斗，可是在小智和阿弘进行最后一只口袋妖怪的决战，小智拿出了之前因为不听话而输掉比赛的喷火龙来继续战斗。
从超梦的口中，小智等人终于得知了事情的真相，原来超梦是用梦幻的眼睫毛复制出来的口袋妖怪，而因为制造超梦的火箭队组织，试图制造出世界上最强的口袋妖怪，于是给超梦增加了很多复杂的基因，同时也让超梦的性格变得非常的暴躁与阴暗。
贾老板非常清楚知道，作为一部粉丝电影的观众们最喜欢什么剧情了，那当然是cp之间的发糖。而作为口袋妖怪中人气最高的口袋妖怪，梦幻可谓是所有玩家和观众们的心中挚爱。
苏醒过来的超梦毁掉了火箭队的基地，但同时又被火箭队的板木老大给控制住了，在被板木老大利用了一阵子之后，超梦就深深的恨上人类，于是他挣脱了板木老大的束缚，来到了这个大海中央的小岛，也是他曾经出生的地方，然后再毁灭人类最杰出的训练师，最后彻底毁掉人类这个恶心的种族。
因为听到城镇中有人谈论神奇的橘子群岛，还有橘子群岛中的橘子联盟，于是小智就将下一个旅行的目的地定为橘子群岛，开始在海边城镇准备远航的事宜。
可惜，小智和梦幻相处的美好时光也就到此为止了，接下来，小智接受到了一封神秘的来信，邀请他前往大海中的一座神秘小道，来参加只有最强的训练师才能够参加的比赛。
关键时候，小智捡到的那颗石头里面射出了一道粉色的光芒，将黑影给击退，而这块石头也变成一只粉色的无比可爱的口袋妖怪，也就是我们的梦幻。
于是贾老板在剧场版里面让小智再一次战胜了阿弘，而且没有借用梦幻的力量，借自己真正的实力击败了阿弘，这就瞬间让无数的粉丝们心中舒爽不已。
结果自然是不言而喻的，火箭队念着好讨厌的感觉就退场了，不过在战斗的过程中，小智意外的落落大海中，然后在海底发现了一颗圆圆的石头。
而看到这20分钟的剧情，电影前所有的小观众们都露出了痴汉的一般的笑容。
而此时已经晚了，这些被抓走的口袋妖怪都被复制出了一个复制体，出现在了众人的面前，然后幕后黑手终于露面了，就是那个曾经试图杀死小智的黑影，自称为超梦的口袋妖怪。
最终，梦幻获得了和皮卡丘一样的待遇，能够不进入精灵球之中，和小智一同在外面活跃着。只不过梦幻似乎没有任何战斗力，无法使用任何的技能。
小智并不知道梦幻是传说中的口袋妖怪，他只是以为这是一个全新的，图鉴里面没有的口袋妖怪，然后在问了梦幻愿不愿意成为自己的伙伴之后，就用精灵球收服梦幻。
比如原版一开始是超梦登场之后，才是小智一行人登场。
当小智他们在海边悠闲的享受着度假时光的时候，火箭队也如约而至，开始了又一次抢夺比卡丘的战斗。
不管复制品还是本尊，从他们诞生那一刻起，就是口袋妖怪了，没有必要为了自己的存在而战斗，大家都是亲如兄弟的一家人。
而且，贾老板还有更加有趣的一手改编。
好在小智在即将被杀的时候惊醒了过来，可是他很快就被大的念力控制住，准备让他跳楼自杀。
不信你看电影院里面的那些观众们，看到喷火龙最后听话的击败了阿弘之后，一个个脸上都露出了姨母般的笑容，效果拔群呀！
在一口气打了几十个巴掌之后，复制品终于受不了了，它停下了自己愤怒的巴掌，它也同样饱含泪光，然后两个皮卡丘抱在了一起，他们之间的心结终于解开了。
对挑战从无畏惧的小智，自然毫不犹豫的答应了邀请，最终小智克服了千辛万苦，成功的穿越