时，他担任尚书仆射，再次掌管官员选拔事务。（《先贤行状》记载：毛玠高雅诚信、公正无私，为官清廉谨慎。他掌管选举时，选拔忠诚老实的人，斥退浮华虚伪的人，提拔谦逊有德行的人，抑制结党营私的人。那些治理百姓没有显着功绩却私人财产丰厚的官员，都被罢免废黜，长期不再任用。当时天下一致称颂，没有人不勉励自己践行美德。甚至连地方长官回到朝廷时，都面容污垢、衣着破旧，常常乘坐简陋的柴车。军中官吏进入官府时，穿着朝服徒步而行。人人都追求像用壶盛饭一样廉洁，家家都有洗涤帽缨般的操守，地位高贵的人没有贪婪的牵累，地位低下的人断绝了谋取私利的念头，官员在上廉洁，风俗在下改变，百姓至今仍称赞他。）
当时太子的人选还没有确定，而临菑侯曹植深受曹操宠爱。毛玠秘密劝谏曹操说：“不久前袁绍因为嫡子和庶子的地位不分，导致家族和国家都灭亡了。废立太子这样的大事，我不应该参与议论。”后来众臣聚会，毛玠起身去换衣服，曹操用目光指着他说：“这就是古代所说的国家的司直，如同我的周昌啊。”
崔琰死后，毛玠内心十分悲痛。后来有人向曹操告发毛玠，说：“毛玠外出时见到脸上刺字的反贼，他们的妻子儿女被充为官奴婢，毛玠就说‘老天不下雨，大概就是因为这种事吧’。”曹操听后勃然大怒，将毛玠逮捕入狱。
大理寺卿钟繇审讯毛玠时质问：“自古圣明的帝王，刑罚都会牵连罪人妻子儿女。《尚书》说：‘左边的人不称职，右边的人不称职，我就将你们降为奴隶或处死。’司寇之职规定，男子犯罪沦为罪隶，女子犯罪送入舂米作坊。汉律也规定，罪人妻子儿女没为奴婢，脸上刺字。汉代施行的黥面之刑，本就源于古代典章。如今这些官奴婢的祖先有罪，即便历经百世，仍要面刺标记为官府服役，这样做一来可宽恕良民的性命，二来可减轻连坐之罪。这为何会违背神明之意而导致干旱？根据典籍记载，施政过严则常降寒灾，施政过宽则常遇酷暑，过于宽纵就会导致亢阳干旱。毛玠说这话，是认为朝廷施政宽还是严？若施政过严本应多雨，为何反而干旱？成汤圣明之世，郊外寸草不生；周宣王是贤明君主，却遭遇旱魃为虐。如今干旱已持续三十年，把天灾归咎于黥面奴婢，时间能对得上吗？当年