过数年发展，伴随着人类的再次崛起，明日大陆势力版图迎来新变化。
1081年4月，秋山谷之介通过在西路平原的间谍了解这块大陆有大量人员正在有组织的调遣，过了几天，方舟和帝国收到一个无线电信号，西路平原几个营地正在建立相互联通的贸易线。
三年后，纪年1084年5月13日，曾经的松散营地终于构建了链接整个西路平原的庞大贸易网络，正式命名自由贸易联盟。
并在黑崖山修建了主城遴选城。
其贸易网络和势力范围，直逼帝国边境，无论方舟还是帝国都无法有效干预这个势力。
除了贸易联盟，一个名为教会的宗教也逐渐崭露头角，抚慰着受伤的难民，给他们带来物资和安全感，思想工作做的也很出色，茅斯沼泽，密斯卡大学甚至各个教会之间，遴选城为了对抗帝国也允许教会势力在他们那里传播，教会成员穿着斗篷兜帽，讲述先知教诲。
传闻教会在洛火荒漠建立中心教廷。
看着曾经的江山早已物是人非，另立门户。
共治政府感觉自己正在被世界遗弃，方舟内部也是对共治政府这些人看不惯了。
纪年1088年6月25日，共治政府解散，由 原先病毒研究小组代理领导者职责，改名科技会在调查各个势力情况后，他们决定放弃领导人类目标，宣布采取中立政策。
依托领先的科技实力，谋求在新世界的利益。
在各个势力发展的时候，难免有摩擦矛盾，尤其是各个难民营之间，即使贸易联盟也无法除外。
为了发展，贸易联盟在力所能及的地方设立协议区，各个营地共同采集资源。
但是在贸易联盟能力范围外的三不管地带，各个营地为了物资利益大打出手，这些地区成为交火区。
虽然四个母体元病毒被摧毁，但是感染者仍然遍布明日大陆，还是人们的最主要威胁。
在那四颗大伊万炸过的地点上留下了巨大的裂痕巨坑，仿佛通向地狱，那些地方被化为禁区，无人知晓幽暗裂谷里孕育着什么样的怪物。