售未能进行，他们不得不把库存进行简单处理，投入到各个难民营，应对难民营日益庞大的人群和安全隐患。
共治政府和海姆达尔公司依靠加拉尔30实时掌握难民们的身体健康数据，在危机时得以救治，更重要的是，可以把藏匿在人群中的感染源及时扼杀。
然而，病毒变异进化速度远远超出预期。
10月中旬，一名运送到诺轮岛堡难民营的幸存者发生变异，当晚诺轮岛堡沦陷，无一生还。
加拉尔居然没有检测到这人的病毒，这说明病毒已具备自我调节机制，再次发生变异 。诺轮岛堡事件造成全球恐慌，人们开始对共济协议带来他国难民产生怀疑和排斥。
然后就是我们熟知的扳凉城拒收难民，isr与扳凉城对峙，扳凉城驻军官秋山真之趁机占领粮食中心，掌权扳凉城。
在叔叔秋山谷之介帮助下统一金耀岛，宣布脱离共济协议，史称扳凉城独立。
共制政府此时面对疫情疲于奔命，默许扳凉城现状，此事告一段落。
在共治政府和明日大陆各国努力下，感染者和病毒逐步被压制下来，人类开始转守为攻。
1068年2月，共治政府和各大国拟定伽南计划，开始夺回失地，肃清感染者。
这次战争被称为感染战争。
这是人类第一次看到重建家园的希望。
战争初期战事频频告捷，一座座城市被夺回，正当人类感到将要胜利时，在一次围剿中，出现了某种特殊变异体，对军队造成极大伤害，在对样本进行研究时，前线有发生了第二种特殊变异体，而且形态各异，它们体内的病毒也是不尽相同，病毒再次变异了。
随着战事推进，特殊变异体越来越多，军队逐渐溃败下来，各地避难所岌岌可危。
与此同时，伽南计划是各大国趁机占领他国资源阴谋论开始出现，并逐渐让更多的人相信，明日大陆局势逐渐失控，内忧外患下，共治政府宣布感染战争失败，并启动终极方案——方舟计划，将剩余难民集体转移。
方舟计划是多年前共治政府和各个大国共同制定计划，建造在神级灾难威胁下人类最后避难所，大洋中的方舟群岛是集防御，生产，生存一体的避难所。