新年过后，经过皇帝和内阁官员商议，确定了即将要准备的三件大事：
第一：筹集粮饷、兵器，剿灭沿海之地的倭寇，让东南之地恢复安宁。
第二：整顿各地兵马，加强训练，提高大明军队的战斗力，守卫边境。
第三：在各地推行“地丁合一”的办法，增加朝廷的税赋收入。
由于第一件事是最为急切的，所以，皇帝决定先派兵去清剿倭寇。
在皇帝下了一道旨意后，兵部尚书于谦立刻召来了江为宗和杨其飞两位将军，让他们带领十万兵马去剿灭倭寇。
大军出征之时，皇帝带着文武百官送行，实际上，于谦也很想去，只不过他还有一件大事需要处理。
第二天，皇帝就对于谦说，让于谦带领兵部的官员去五军都督府整顿兵马。
内阁首辅曹鼐站在一旁，极为担忧的说道：陛下，此事需要徐徐图之，切不可太过着急。
“五军都督府的那些将领，虽然名义上听命于内阁，若是此刻就让于大人去整顿兵马，恐怕会有危险啊”
于谦却说：有什么可惧的，整顿兵马一事，犹如刮骨疗伤，拖得越久，危害越重，如若边境之地再起战火，朝廷就得付出更大的代价。
皇帝就说：五军都督府的将领，难道不是朝廷的官员吗，朕就不信，他们胆敢违抗圣命！
“可是，太后娘娘那边。。。”
“不用担心，这件事，朕自有办法应对”
果不其然，这件事真不是说起来那么简单的。
五军都督府的将领们得知这个消息后，立刻就调来了几百士兵守在府衙门口，扬言道不准兵部的官员踏入府衙一步。
而在皇宫里，太后娘娘也特意来到了乾清宫。
“陛下，哀家听说，于谦要去五军都督府整顿兵马？”
“确有此事，整顿兵马一事，事关大明安危，刻不容缓！”
“陛下心怀天下，哀家很高兴。但五军都督府负责掌管天下各地的兵马，这是太宗皇帝定下的祖制，你怎可更改？”
“朕又没说要撤销五军都督府，只不过是要整顿兵马，按照太宗皇帝定下的朝廷规矩，五军都督府也得听命于兵部。如今