三营中，将领虽然多，可却各自掌握着一部分的本部兵马，有时候为了一点小心思，也会尔虞我诈，没有什么凝聚力。
而本部的兵马，则只听命于本部的将领，一旦本部将领不在，就会出现不听将令征调的事情。
于谦根据京师三营的情况，就决定打破现有的军制规矩，让京师三营保留十五万的人马，裁撤老弱士兵，重新募集新兵。
所有人马分编为十营，各营一万五千人，营中以都督为首，下设督指挥、千总、指挥、队官，不再有单独的本部兵马，无论哪个将领任职，一切听从军令指挥。
如果督指挥不听都督之令，都督有权以军法处之，千总如若不听督指挥之令，督指挥亦有权以军法处之，以此类推。
如果上级将领受伤或战死，则听命于营中官职更高的将领。
如此一来，京师三营的兵马，则全部被重新分散，既削弱了一些武将勋贵的个人影响力，又能提高整个军队的战斗力和凝聚力。
一开始，一些年龄较大的武将勋贵们还有所抱怨，觉得这样整顿兵马，就等于夺取了各自的兵权，所以他们并不肯积极的听从兵部的命令。
于谦倒也不会客气，如果哪个将领胆敢不听命令，轻则降职，重则夺去官职，然后提拔一些新人。毕竟，在整个军营中，还有不少的年轻将领颇具才能，只是缺少个机会而已。
而江为宗和杨其飞两人，则在军中平步青云，一跃成为了督指挥，也算是有了独当一面的机会。
因为这件事，京师三营中的不少将领还曾嚷嚷着要写奏章给皇帝，弹劾于谦，说于谦只重用自己的心腹，而刻意打压其他老将。
就连兵部的一些官员也劝说于谦，说江为宗和杨其飞两人虽有才能，但也是刚来京师三营不久，如今提拔这么快，是不是不太好？
于谦则说：本官为国举贤，全是公心，并无半点私心，无论是谁，只要他有本事，本官都会重用！
于谦早已下定了决心，此次整顿兵马，必要重振大明军威。