但雾隐村并未死心，再次派人进攻，遇上了刚为上忍的宇智波止水，宇智波止水在对战雾隐村时使出了那宛如鬼魅般的瞬身术，击杀了无数雾隐村的忍者，甚至连拥有白眼的青在遇到了了宇智波止水后，也被那惊人的查克拉逼走了，最后被雾隐村冠以瞬身止水的称号。
接下来就是波风水门神无毗桥之战的事情，利用飞雷神凭借自己一人之力击杀岩隐村五十位上忍，最后被誉为金色闪光。
再就是三代火影退位，由大蛇丸和波风水门以及自来也竞争四代火影之位，自来也生性自由弃权之后，帮助自己徒弟水门竞争火影之位，水门也是凭借着那阳光帅气的面孔以及强大的实力，征服了木叶村的村民，最终波风水门成功出任继承火影之位。
近一年时间里在四代火影帮助下宇智波一族甚至跟村子的关系有了很大的缓解。
看到这里宇智波止水不由得松了一口气，回头看了波风天辰一眼。
但是在九尾之乱的夜晚，一个神秘人冲了出来，趁着九尾人柱力生产之时的虚弱将九尾释放了出来，四代火影最终利用尸鬼封印成功将九尾封印到漩涡鸣人的身体里，最后夫妻二人同时去世。
继四代火影死后，三代火影再次上任，他向我们展示了自己的手段，先是再次打压宇智波一族，并且掩盖鸣人作为英雄的后代，任村子里的人喊他妖狐，欺负他。
这时宇智波止水看见了自己的身影，又看了看波风天辰。
宇智波止水为了村子和家族的关系，自愿成为无间道，并且把自己万花筒写轮眼的能力告诉了木叶高层博取信任，因此两边打听着消息，最后加入了团藏的麾下，当他得知宇智波一族准备叛乱时，提出了要用自己万花筒能力改写宇智波族长的意志。
这时团藏露出了自己的野心，趁着宇智波止水不注意时偷袭了他，并夺走了宇智波止水的一只万花筒写轮眼，宇智波止水为了不让家族提前暴乱，偷偷找到宇智波鼬将事情经过告诉了他，并且把自己的写轮眼托付给了他，自己投河自尽了。
就这样宇智波一族和村子相安无事了几年，在宇智波一族打算叛乱之时，九尾之乱的面具人找上了宇智波鼬，两人达成了协议，最后宇智波鼬向木叶高层提出用宇智波一族性命换