供给，而大军发朝鲜，并不能得到粮食上的供给，却可以让所有的将士们都有破釜沉舟的决心，异域他乡，不死战，皆等着饿死，必定死战，这是其一，臣猜想皇上下一步必定是在焚毁了全部日本战船之后出兵日本，死战则得粮食银钱，以战养战可成也。同时可以打掉日本人和建奴的勾结，断其后路，其联盟不攻自破。”
崇祯十四年（1642年）正月，李自成陷洛阳，杀福王朱常洵。二月初四半夜，张献忠一日夜驰三百里出四川，奇袭襄阳，初五日，在西门城楼杀襄王朱翊铭，朝野震惊。杨嗣昌追剿农民起义失败，忧惧交加，旧病复发，已病入膏肓，监军万元吉问他为何不报知皇上？杨嗣昌只吐出“返荆州，将谒惠邸。”王命阍者谢曰：“先生愿见寡人者请先朝襄王。嗣昌惭，乃缢。”
崇祯十二年（1640年）五月，张献忠谷城再起，各地农民起义烈火复燃，崇祯帝“命杨嗣昌督师，赐尚方宝剑进行镇压。杨嗣昌与陕西副将贺人龙、李国奇夹击张献忠於太平县玛瑙山（今四川万源县），史载“大破之，斩馘三千六百二十，坠巖谷死者无算。”
在原本的历史当中，杨嗣昌被任为“礼部尚书兼东阁大学士，入参机务。仍掌兵部事”，成为明末权倾一时的宰相式人物。武陵民间有“杨阁老”、“杨相”之称。是年冬天，清军三路大军第四度南侵，北京震动，崇祯皇帝战、和不定，杨嗣昌力主议和；但卢象升主张坚决抵抗，遂率诸将分道出击，与清军战於庆都、真定（今河北望都、正定）等地。杨嗣昌手握兵权，事事掣肘象升，卢象升屡战失利，最后战死沙场。崇祯急调洪承畴部北上勤王，剿寇策略遂功亏一篑。后李自成往河南发展。