从此宗教迫害扩大为贸易限制，葡萄牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年（1624年）严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许出海，居住在外国的日本人也一律严禁归国，归即处死。
“我们只要放出风声，说明廷有意夺取长崎，德川家光必定不会坐视不理，荷兰人跟明廷更是矛盾重重，如何学会运用对手的矛盾，这才是最为厉害的地方，汉人的孙子兵法不是说上兵伐谋？我们现在和明廷在朝鲜是僵持着的，谁这个时候来，都会改变战争的平衡，谁会不动心？”皇太极自信的看着日本的方向。
江户幕府奉行“锁国”政策，导致日本落后不振，一度遭到西方列强的侵略，然而实际上，日本的情况和大明并不相同，并且幕府的“锁国”是有一个启动过程的，并非始自德川家康。江户幕府的所谓“锁国”，其实锁的是南蛮贸易。
当年丰臣秀吉平定九州时，曾看中一个有马领内的美女，便要将其带回大阪，而此女是个虔诚的教徒，力陈丰臣秀吉做法有违一夫一妻教义，坚辞不就。当然，丰臣秀吉已有宁宁和300多个美女，但当时的世道是强者可以为所欲为，一个普通女人居然敢不服从“关白”的命令，恼怒的丰臣秀吉发布禁教令据说与此有关。再则，当时禁教之所以不彻底，一方面是丰臣秀吉忙于南征北战，另一方面则是牧师们暗中得到了岛原半岛领主有马晴信的庇护。后来德川家康在关原之战打败丰臣秀吉后代势力后，将有马晴信处了死刑。不过，因为有马晴信之子有马直纯从小在德川家康身边长大，又娶了德川家康曾孙女为妻，所以德川家康叫有马直纯继承了其父的4万石俸禄去当岛原领主。受宠若惊、感激涕零的有马直纯，虽然也是个教徒，但为报答德川家康厚爱，毅然退教，发誓要将天主、基督斩草除根。岛原教徒从这时起便开始了劫难。有马直纯大开杀戒，将不愿弃教者活活烧死，并叫其他教徒现场观看。可结果不怕死的教徒反而更增加了勇气。幕府看有马直纯治不了教徒，便把他调到日向（宫崎县），但他的很多部下不愿离开故乡，宁可落魄为浪人、百姓，这部分人后来反倒成了义军的力量。
如何崇祯皇帝朱由检知道了，不知道会采取什么态度？
农民，利用信仰的力量有组织、大规模地反抗幕府封建政权，而且是在一个16岁少年的统帅下，这可谓农民起义史上的奇迹。
战后，岛原、天草几乎成了无人区，幕府只好叫很多赞岐（香川县）的农民迁到这里。 幕府认为“岛原之乱”是教徒造反，决定彻底禁教。第二年的1639年，禁止葡萄牙船来航；2年后，又将荷兰商馆迁至长崎，禁止外国船员和日本人来往，从而，开始了长达260年的锁国政策。此期间，除荷兰、中国、朝鲜船外，和世界其他各国完全断绝了往来。
多尔衮听过了皇太极给自己讲解，茅塞顿开，给皇太极行了一个很敬重的礼节，“皇上天纵奇才，臣弟佩服的五体投地。”
世界上的事，一直都是变化着的，崇祯皇帝朱由检绝不会想到，他在天津，皇太极在朝鲜，然后皇太极会想到找日本人来做盟友的事情。
日本就此基本断绝了南蛮贸易，唯一例外的是荷兰人，荷兰东印度公司在日本设置了分公司，向幕府保证绝不传播基督教，同时荷兰商船一到日本，商馆馆长立刻向幕府提交《荷兰风说书》，报告海外情况。但即便是荷兰人也只准在长崎的出岛建造商馆，而不得踏入日本内地一步，就连中国船也只准停泊在长崎港，可以说，整个日本只有长崎一地是半对外开放的，幕府通过直接统治长崎而垄断了所有对外贸易。
整个民族都剥皮揎草，也无法阻止朱由检那天地都无法包容的愤恨！
在德川家康类似举措的鼓励下，各地诸侯也纷纷大力发展南蛮贸易。伊达政宗就曾派家臣支仓常长前往欧洲，谒见罗马教皇和西班牙国王，要求通商。据说常长本人因此直接得到教皇的洗礼，被授予罗马公民权。
一方是训练有素的12万多正规军，一方是实际能战斗者只有1万多人的老弱之兵。幕府军以众打寡，显然胜负是明摆着的。是为“岛原之乱”。
有压迫，必然就有反抗，惊世骇俗的“岛原、天草之乱”就在这种禁教锁国的背景下爆发了。
有一点是皇太极自己都不清楚的，就是崇祯痛恨日本人，胜过这世上的任何一个族群，如果朱由检要灭掉一个族群的话，那只会是日本人！
接替有马直纯来岛原当领主的是丰后守松仓重政，此人是个筑城名人，到此地当然不满意日野江城，于是大兴土木要钱要工。这样，岛原人民受的是双重苦难——信教不准，还要无休止地出钱出工。不愿弃教者不仅遭到汤浇、火烧、投入大海，而且，还被丢进云仙温泉硫磺火山口|活活熏死。不仅如此，租税也极其苛刻，种一棵烟草，收获烟叶的一半要上缴；种的茄子要预计结几个果，有时收成不好，收获的东西要全部上缴。
皇太极看了看身边的大玉儿和海兰珠，对多尔衮的这个马屁