神和镇的上空，一辆蓝色的飞机缓慢的经过，飞机上的君莎拿着对讲机。
“这里是百代市警察，我们即将进入神河镇的管制空域。”
很快，对讲机传来回应：“这里是神和航空管制塔，目前视界良好，天气晴，跑道畅通。”
君莎点点头：“了解了，我们将照着预定，于当地时间9点30分到达。”
正在这时，突然一片大嘴蝠围了上来，将君莎的飞机拦住了。
“这是怎么回事？！”君莎大惊。
“君莎小姐，有不明飞行物体在我们上方，敌我识别器上并没有反应！”机长大惊。
“不用猜了，这种手段肯定是银河团的人，他们是冲着我们押送的金钢玉魂来的！”一身月白色西装的班纳伊皱眉说道。
这次为了押送这个金刚玉魂，百代市警察可以说是相当谨慎了，破天荒的接受了新生火箭队的帮助，班纳伊作为特别顾问跟随警察一起行动。
嘭～正在班纳伊猜测的时候，毒骷蛙落在了飞机顶上。
“是镇星嘛……”
飞机上方，一架直升机敞开着舱门，镇星出现在舱门：“哼，火箭队的情报正确，金刚玉魂我们要了。”
……
时间回到昨晚，三大干部领命准备去炸开三大湖泊，却被坂木拦了下来。
“你什么意思，坂木？”赤日冷漠的问。
“根据我们的情报，想要召唤时空双神，不光需要三圣菇，恐怕还得有两颗玉魂才行，你现在有几了？”坂木冷笑着问。
赤日：……计划变更，目标神和镇，把那该死的玉魂给我拿回来！
…………
另一边，在神和镇华丽大赛成功取得优胜的小光还有小智几人，正在计划新的目的地。
真嗣和希罗娜陪芥子兰博士吃过饭，便来到神奇宝贝中心和小智三人汇合了。
芥子兰博士据说今天还要招待其他的客人，于是让真嗣和希罗娜先自由行动。
神奇宝贝中心的对战训练场，小智正在和皮卡丘特训。
“皮卡丘，把十万伏特的雷电旋转起来，形成一个保护罩，用攻击来代替防御！”
在小智的指挥下，皮卡丘把雷电布满场地就像是一个护盾一般。