被动，不得不出面上奏朝廷为鲍超请功。虽然事情总算得以平息，但刘铭传以怨报德的行为却让包括同僚旧友在内的人们觉得过分。他以后长期赋闲在家不被起用，不能说与此无关。
清廷派左宗棠为陕甘总督并督办陕甘军务，镇压当地的捻军和回民起义。
同治八年（1869）十二月，回民起义军击毙左宗棠爱将刘松山，一路南下。西太后急命李鸿章入陕督办军务。左宗棠唯恐李鸿章抢功，指使手下奏报陕西“匪患”已经肃清，则李不必西来。李鸿章也不想自讨没趣，因此派刘铭传前往。左宗棠对此也深表不满，不愿刘铭传插手其中。刘铭传自然对左宗棠的阻挠也不满，此时又接到西太后命令他随时密报左宗棠军情的密旨，因而对左宗棠上奏不实之处予以揭露。左宗棠得知内情，与刘铭传交恶。
两人一直斗起来没完，一直到了台湾也没消停下来。
后来刘铭传因为厌倦了官场倾轧，再加上有伤在身，于是提出回家休养，结果这病假条请的好，原本三个月，后来延长成了十三年！、
一直到中法战争爆发，刘铭传才愤然而起！
清廷任命他为督办台湾事务大臣，筹备抗法，不久又授福建巡抚，加兵部尚书衔。
1884年7月16日刘铭传抵达基隆，第二天即巡视要塞炮台，检查军事设施，并增筑炮台、护营，加强台北防务。
十五天后，战争爆发！